பல்வேறு சர்ச்சைகள், குழப்பங்கள், கண்டனங்களுக்குப் பின்னர் சிபிஐக்கு புதிய இயக்குநர் நியமிக்கப்பட்டுள்ளார். தற்போது அதிலும் சர்ச்சை ஏற்பட்டுள்ளது.
சிபிஐ புதிய இயக்குனராக மத்திய பிரதேச டிஜிபி பதவியில் இருந்து அண்மையில் நீக்கப்பட்ட ரிஷிகுமார் சுக்லா தேர்வு செய்யப்பட்டதற்கு, தேர்வுக்குழுவில் இடம்பெற்ற மக்களவை காங்கிரஸ் தலைவர் மல்லிகார்ஜூன கார்கே எதிர்ப்பு தெரிவித்துள்ளார். மத்திய அரசின் முக்கிய துறைகளுக்கான தலைவரை, பிரதமர், உச்ச நீதிமன்ற தலைமை நீதிபதி அல்லது நீதிபதி மற்றும் மக்களவை எதிர்க்கட்சித் தலைவர் ஆகியோர் அடங்கிய தேர்வுக்குழுதான் நியமனம் செய்ய வேண்டும் என்பது விதிமுறை. அதன்படி சிபிஐ அமைப்புக்கு புதிய இயக்குனரை தேர்வு செய்யும் ஆலோசனை கூட்டம் பிரதமர் இல்லத்தில் நேற்று முன்தினம் நடந்தது. மத்தியப் பிரதேச முன்னாள் டிஜிபி ரிஷிகுமார் சுக்லா பெயரை தேர்வு செய்ய பிரதமரும், உச்ச நீதிமன்ற தலைமை நீதிபதி ரஞ்சன் கோகாயும் ஒப்புதல் தெரிவித்தனர். 
ஆனால் சுக்லாவுக்கு ஊழல் வழக்குகளை கையாண்டதில் அனுபவம் இல்லை. எனவே இவரை சிபிஐ பதவிக்கு தேர்வு செய்ய வேண்டாம் என பிரதமரிடம் மல்லிகார்ஜூன கார்கே தெரிவித்துள்ளார். ஆனால் ரிஷிகுமார் சுக்லா மிகவும மூத்த திறமையான அதிகாரி என்பதால், கார்கேவின் கருத்து நிராகரிக்கப்பட்டது. சுக்லாவை சிபிஐ புதிய இயக்குனராக மத்திய அரசு நேற்று அறிவித்தது. இந்நிலையில் பிரதமர் மோடிக்கு, கார்கே நேற்று மாலை 2 பக்க கடிதம் அனுப்பினார். அதில், ‘‘சிபிஐ இயக்குனரை தேர்வு செய்வதில் விசாரணை அனுபவம் மற்றும் ஊழல் வழக்கு விசாரணை அனுபவம் இரண்டையும் பார்க்க வேண்டும் என்பது விதிமுறை. ஆனால் சுக்லா தேர்வில் விசாரணை அனுபவத்தை மட்டும் பரிசீலனைக்கு எடுத்துக் கொள்ளப்பட்டுள்ளது. இதன் மூலம் டெல்லி சிறப்பு போலீஸ் சட்ட விதிமுறை மற்றும் உச்ச நீதிமன்ற உத்தரவு ஆகியவை நீர்த்து போகச் செய்யப்பட்டுள்ளது’’ என குறிப்பிட்டுள்ளார்.
சுக்லா தேர்வில் கார்கேவின் எதிர்ப்பு குறித்து கருத்து தெரிவித்த மத்திய அமைச்சர் ஜிதேந்திர சிங், ‘‘தேர்வு பட்டியலில் தான் தேர்வு செய்த அதிகாரிகள் சிலரை சேர்க்கும், வகையில் விதிமுறைகளை மாற்ற கார்கே முயற்சித்தார். ஆனால் சிபிஐ இயக்குனர் தேர்வில் பொதுவான விதிமுறையை பின்பற்றும்படி, தேர்வுக் குழுவில் உறுப்பினராக உள்ள உச்ச நீதிமன்ற தலைமை நீதிபதி ரஞ்சன் கோகாய் கூறினார். உயர்நிலைக் குழுவில் நடந்த ஆலோசனை பற்றி தனது சொந்த கருத்துக்களை நிருபர்களிடம் கார்கே தெரிவிக்கிறார்’’ என்றார்.
